在一项新的研究中,开发了一种名为CrossDome的工具,该工具结合遗传信息和生化信息来预测T细胞免疫疗法是否可能错误地攻击健康细胞。
基于T细胞的免疫疗法在抗击癌症和传染病方面有着巨大的潜力,因为它们有能力专门靶向病变细胞,包括癌症转移。然而,由于它可能识别健康细胞的未知靶标,这种潜力受到了安全问题的影响。
在一种情形下,科学家们构建了特殊的T细胞,它们被认为靶向一种在称为黑色素瘤的皮肤癌中发现的蛋白。然而,这些T细胞最终也攻击了在一些患者的心脏细胞中发现的一种不同的蛋白。这对心脏造成了严重损害。
论文通讯作者、教授说,“我们的CrossDome工具有助于预测基于T细胞的免疫疗法的潜在风险。它使用不同类型的信息(称为多组学)的组合来进行预测,并确定这种疗法除了靶向预定的病变细胞之外,是否可能意外地伤害健康细胞。通过分析多种因素,CrossDome为基于T细胞的免疫疗法的安全性提供了新的见解,并可能帮助科学家们开发更安全的治疗方法。”
为了测试CrossDome的有效性,用它来预测16个广为人所知的T细胞交叉反应病例中的潜在错误,包括黑色素瘤-心脏损害病例。该工具成功地将一种心脏蛋白确定为T细胞的潜在靶标,在数以千计的其他蛋白中把它列为高风险的候选靶标。
为了加强这些研究结果,结合了来自不同功能数据集的信息,以帮助评估某些基因的表达量,以及它们与某种名为HLA的分子结合的可能性,从而引发免疫反应。他们说,“这些信息帮助我们决定哪些潜在的非靶标基因值得在实验中测试。”
CrossDome的用户可以是技术用户,也可以是非技术用户。它的功能允许那些知道如何编码的人进行更高级的控制,同时也为那些没有编码经验的人提供了易于使用的界面。
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