系统性红斑狼疮是一种异质性的自身免疫性疾病。bulk转录组分析表明,1型干扰素信号的增加、淋巴细胞激活失调和细胞凋亡清除的失败是这种疾病的标志。许多参与这些过程的基因与系统性红斑狼疮相关的约100个基因位点相接近。尽管取得了这一进展,但对系统性红斑狼疮的循环免疫细胞的全面普查仍然是不完整的,对介导遗传关联的细胞类型和背景的注释仍然具有挑战性。
历史上,流式细胞仪和bulk转录组分析被用来分析SLE中循环免疫细胞的组成和基因表达。流式细胞术因其使用有限的已知标志物而会出现偏差,而bulk转录组分析没有足够的能力来检测细胞类型的表达差异。对外周血单核细胞的单细胞RNA测序作为一种全面和无偏差的方法,具有同时分析循环免疫细胞的组成和转录状态的潜力。
scRNA-seq在人群队列中的应用受到了样本量、成本和对技术变化的敏感性的限制。为了克服这些限制,来自加州大学旧金山分校等研究机构的研究人员之前开发出多重scRNA-seq,以实现对人群队列的系统性和经济性scRNA-seq测序。
在一项新的研究中,这些研究人员利用mux-seq对来自162名系统性红斑狼疮患者和99名健康对照者的120多万PBMC进行分析。系统性红斑狼疮患者在PBMC的组成和状态方面都表现出差异。对淋巴细胞组成的分析显示,初始CD4+T细胞减少,而细胞库限制的GZMH+CD8+T细胞增加。对八种细胞类型的转录组分析显示,经典的单核细胞对泛细胞类型和髓系特异性1型干扰素刺激基因的表达水平最高。
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